紫外線殺菌工藝在具有諸多優勢的同時也有缺點，最主要的缺點是沒有維持管網持續消毒的能力。歐洲和北美使用紫外線消毒技術存在一定的差別。在歐洲的荷蘭、奧地利和德國等地的一些水廠，飲用水紫外線殺菌器工消毒后直接進入供水管網，據統計，荷蘭大部分水廠單獨使用紫外線消毒，且管網末梢沒有余氯。究其原因，歐洲的管網狀況較好，管網系統相對較小，水中可生物同化有機碳較低，為了避免余氯在管網中產生消毒副產物，常單獨采用紫外線消毒。另外一個原因是這些歐洲國家通常在緯度較高地區，水溫常年較低，管網中微生物再生長能力弱。而北美的飲用水相關法規規定在自來水中必須存在一定量的余氯，用來控制管網的二次污染問題。我國的情況與美國更相似。根據清華大學的研究成果，在生物可同化有機碳（AOC）低于20μg/L時紫外線后可以不加氯，AOC在50μg/L以上時需維持余氯在0．3mg/L以上。國內采用地表水源的市政供水系統由于水中有機物含量比較高，因此紫外線需要與氯和氯胺組合使用以保證管網水質的微生物安全性。但采用地下水的村鎮小規模供水系統則完全可能只采用紫外線消毒，特別是北方水溫較低地區，前提是設計和設備一定要合格。十一五科技支撐計劃的研究成果也完全證明了這一點。
